Baggrunden for stiftelsen af FYO var en beslutning i Sundhedsstyrelsens specialistnævn i 1981, hvor man oprettede et samlet grundspeciale (onkologi) til varetagelse af både strålebehandling og medicinsk kræftbehandling. De to faglige organisationer Dansk Selskab for Onkologi (DSO) og Dansk Selskab for Medicinsk Onkologi (DMO) havde indtil da været præget af intern uenighed, om hvorvidt den ikke-kirurgiske kræftbehandling skulle opdeles i to specialer, et radioterapeutisk og et medicinsk-kemoterapeutisk speciale.

I 1983 førte en gruppe onkologers  ønske om et forum til varetagelse af deres interesser til grundlæggelsen af FYO med stiftende generalforsamling 10. juni 1983. Der var allerede fra begyndelsen tætte relationer mellem FYO og DSO, og der har tit været sammenfaldende interesser med hensyn til uddannelse og udvikling af specialet onkologi, hvor man har arbejdet for et samlet onkologisk speciale. I 2004 blev det samlede onkologiske speciale en realitet. Som en naturlig konsekvens heraf blev DSO og DMO  nedlagt og Dansk Selskab for Klinisk Onkologi (DSKO) stiftet.

Ét af FYO’s formål er at forbedre den onkologiske uddannelse både gennem forbedringer af speciallægeuddannelsen og gennem tilbud om kursusaktiviteter. FYO støtter en struktureret centerfunktion med samling af de forskellige lægefaglige specialer, som deltager i kræftbehandling.  Med nedlæggelsen af DSO og DMO- og stiftelsen af det fælles selskab DSKO er det oprindelige formål med FYO bortfaldet, og i dag er de væsentligste aktiviteter at deltage aktivt i at forbedre uddannelsen og arbejdsmiljøet for yngre onkologer. Derfor er FYO repræsenteret i DSKO’s bestyrelse og i DSKO’s Uddannelsesudvalg, Ansættelsesudvalg, og Mødeudvalg mv. FYO er dog en selvstændig forening, som er organisatorisk uafhængig af DSKO.  FYO arrangerer 1-3 kurser årligt. Målgruppen er fortrinsvis foreningens egne medlemmer, som strækker sig fra læger ansat i introduktionsstilling til speciallæger i afdelingslægestillinger. Kurserne er desuden åbne for yngre læger, der arbejder på afdelinger med relationer til onkologien.  Kurserne er primært arrangeret af FYO selv eller i samarbejde med andre specialers orginasationer, uafhængigt af industrielle sponsorater.

Onkologiens baggrund i Danmark
Kirurgi var indtil starten af sidste århundrede den eneste behandling for kræft. Røntgenudstyr til kombineret diagnostisk og terapeutisk brug blev installeret på danske sygehuse fra slutningen af 1800-tallet til starten af 1920’erne. Via introduktion af behandlingen med Radium blev den første Radiumstation etableret i 1913 i København efterfulgt af tilsvarende centre i Århus og Odense.     Onkologien i Danmark er således udsprunget af radiologien, der blev anerkendt som et selvstændigt speciale i 1921. Uddannelsen krævede udover den grundlæggende diagnostiske del et års ansættelse på en radiumstation. Det var derfor diagnostiske/terapeutiske radiologer, der prægede specialet frem til begyndelsen af 1960’ere. Specialet terapeutisk radiologi blev oprettet i 1950, men først i slutningen af 60’erne indførte man obligatorisk undervisning som led i speciallægeuddannelsen. I 1970 nedsatte Dansk Selskab for Terapeutisk Radiologi, – senere Dansk Selskab for Onkologi (DSO) – et permanent uddannelsesudvalg. De første kursusstillinger blev besat i 1974.

Kemoterapi blev indført i begyndelsen af 1960’erne og fik tiltagende betydning for den samlede onkologiske behandling på landets radiumstationer. Dansk Selskab for Medicinsk Onkologi (DMO) blev oprettet som et interesseområde indenfor intern medicin og som følge heraf debatteredes  det i 1970’erne, under hvilke former kemoterapien skulle integreres i specialet. Disse overvejelser førte i 1980 til en beslutning om at bibeholde terapeutisk radiologi (senere onkologi) som et selvstændigt speciale med eget uddannelsesforløb. Uddannelsesreglerne var beskrevet i Indenrigsministeriets bekendtgørelse om uddannelse til speciallæge (januar 1983). I forbindelse med revisionen af reglerne for speciallægeuddannelserne i 1987 blev det igen diskuteret, hvorvidt den ikke-kirurgiske kræftbehandling skulle opdeles i medicinsk onkologi (som et intern medicinsk sub-speciale) og radioterapi. Indenrigsministeriet og Sundhedsstyrelsen besluttede at bibeholde et integreret grundspeciale til varetagelse af den ikke-kirurgiske kræftbehandling og som følge heraf ændredes navnet på dette speciale fra terapeutisk radiologi til onkologi.  Begge behandlingsmodaliteter – kemoterapi og strålebehandling – blev primært givet på de fem centerafdelinger, men i forbindelse med omstrukturering havde flere amter oprettet decentrale afdelinger til varetagelse af medicinsk onkologisk behandling.

I 1991 nedsatte Sundhedstyrelsen bl.a. på opfordring fra DSO  en arbejdsgruppe, der skulle udforme en redegørelse om den fremtidige tilrettelæggelse af onkologisk virksomhed (1994). Arbejdsgruppen udarbejdede en skitse til en fremtidig speciallægeuddannelse, som beskrev et forslag til en fælles uddannelse for onkologer og intern medicinere med interesse for onkologi. Dette uddannelsesforslag skulle sikre, at alle der blev ansat på centrale eller decentrale onkologiske afdelinger, havde en ensartet speciallægeuddannelse, men med mulighed for forskelligt indhold og med forskellig efteruddannelse. Forslaget blev godkendt af både DSO og DMO, men blev dog afvist af specialistnævnet i Sundhedsstyrelsen.

Bestræbelserne på at samle onkologien i Danmark fortsatte og efter et grundigt forarbejde blev DSO og DMO i foråret 2004 enige om en fælles uddannelse til speciallæge i klinisk onkologi. I maj 2004 blev DSO og DMO nedlagt og et fælles selskab i stedet stiftet i form af Dansk Selskab for Klinisk Onkologi (DSKO). I dag varetages radioterapien på sygehusene i Ålborg, Vejle, Odense, Rigshospitalet, Herlev, Næstved og Aarhus samt på en satellitafdeling i Herning. Der findes desuden onkologiske enheder, hvor der gives medicinsk kræftbehandling, i Esbjerg, Herning, Hillerød, Næstved, Roskilde, Sønderborg.

I 2020 blev FYO som et af de første selskaber for yngre læger medlem af Lægevidenskabelige Selkaber (LVS).